1521년 팜플로나 전투에서 중상을 입은 그는 회복을 위해 병상에 누워서 치료하는 동안

여러 가지 교회서적을 탐독하면서 깊은 회심을 하게 되었다.

특히 작센의 루돌프가 쓴 《그리스도의 생애》를 읽고 그는 지금까지의 군인 생활을 청산하고

아시시의 성 프란치스코와 같은 위대한 영적 지도자의 본보기를 따라

여생을 하느님을 위한 일에 헌신하기로 다짐하였다.

1522년 3월 이냐시오가 몸을 추스르고나서 몬세라트의 성모 성당을 방문하였을 때,

성모 마리아와 아기 예수의 환시를 체험하였다.

이후 그는 고행의 복장을 하고 만레사에 있는 깊은 동굴 안에 들어가 머물면서 기도와 극기로 1년간의 세월을 보냈다.

또한 그는 고행과 문전걸식을 하며 가시 돋친 허리띠를 두르고 연일 단식을 하였다.

이와 같은 명상 생활을 하면서 만들어진 것이 바로 《영신수련》이다.

1523년 9월, 이냐시오는 성지 예루살렘을 방문하여 그곳에 머무르고자 하였으나,

당시 예루살렘 성소들을 관리하였던 프란치스코회원들이 받아들여주지 않아 하는 수 없이 유럽으로 돌아왔다.

1524년부터 1537년까지 이냐시오는 스페인과 파리에서 신학과 라틴어, 인문학 등의 공부에 전념하였다.

이냐시오와 그를 따르는 추종자들은 청빈과 순결, 순명을 맹세하며 결집하였다. 1539년 이들은 예수회를 조직하였으며,

1540년 교황 바오로 3세로부터 인가를 받았다. 1548년에는 이냐시오가 구성한 영신수련이 인가를 받았다.

이냐시오는 1556년 7월에 선종하였다. 1609년 교황 바오로 5세에 의해 시복되었으며,

1622년 교황 그레고리오 15세에 의해 시성되었다.

1922년 교황 비오 11세는 그를 영신수련과 피정자들의 수호성인으로 지정하였다.

이냐시오는 또한 군인들과 예수회원, 바스크 지방, 기푸스코아 주, 비스카야 주의 수호성인이기도 하다.